بعض المستقلبات الثانوية هي سموم تستخدم لردع الافتراس والبعض الآخر عبارة عن فيرومونات تستخدم لجذب الحشرات للتلقيح. هذه المستقلبات والأصباغ الثانوية التي يمكن أن يكون لها تاثيرات علاجية في البشر والتي يمكن تنقيتها لإنتاج الأدوية - ومن الأمثلة الإينولين من جذور الداليا ، والكينين من الكينا ، والمورفين والكوديين من الخشخاش ، والديجوكسين من قفاز الثعلب.

تحقق المركبات الكيميائية في النباتات تأثيراتها على جسم الإنسان من خلال عمليات مماثلة لتلك التي تم فهمها جيدًا بالفعل للمركبات الكيميائية في الأدوية التقليدية ؛ وبالتالي لا تختلف الأدوية العشبية اختلافًا كبيرًا عن الأدوية التقليدية من حيث كيفية عملها. يتيح ذلك للأدوية العشبية أن تكون فعالة مثل الأدوية التقليدية ، ولكنه يمنحها أيضًا نفس القدرة على إحداث آثار جانبية ضارة.

يميل الطب الحديث الآن إلى استخدام المكونات النشطة للنباتات بدلاً من النباتات بأكملها. قد يتم تصنيع المواد الكيميائية النباتية أو مضاعفتها أو تحويلها بطريقة أخرى لصنع المستحضرات الصيدلانية.
ومن الأمثلة على هذه المشتقات الديجوكسين ، من الديجيتال ؛ كبخاخات من الفلفل الحار.
والأسبرين ، المرتبط كيميائياً بحمض الساليسيليك الموجود في الصفصاف الأبيض.
لا يزال خشخاش الأفيون مصدرًا صناعيًا رئيسيًا للمواد الأفيونية ، بما في ذلك المورفين. ومع ذلك ، فقد ترجمت القليل من العلاجات التقليدية إلى عقاقير حديثة ، على الرغم من استمرار البحث في فعالية العلاجات العشبية التقليدية وإمكانية تكيفها.